- Fortran 编译器选择
- 安装csh
- 安装Perl
- 文件准备
- 输入参数介绍
- 选项选择
- PANDORA运行种类
- 平面平行层大气与球面大气
- 运行
- 输出
- 错误处理
- 输出结果阅读理解
- 示例文件
- Section 9：背景谱线不透明度
- Section 18：合成频率表
- 合并程序pmerge
Fortran 编译器选择
可以从pgfortran、ifort和pgf77中选一个。 我选的是ifort；2021年后Intel将各种编译器集成到了Intel® oneAPI Toolkit里面，到这里下载Base Toolkit，然后再到这里下载HPC Toolkit然后按顺序安装就好了。 有图形化界面的安装程序，就是要记得将无关的内容全部取消选择（Base中可以全部取消、HPC中只留Fortran的）就行了，这俩Toolkit全部免费，也没有了学生license的事情了。
安装成功后在.bashrc文件里面加上：
1
2
alias ifort='/opt/intel/oneapi/compiler/latest/linux/bin/intel64/ifort'
source /opt/intel/bin/ifortvars.sh ia32
装之前或者之后记得将这些32位的包装上：
1
2
3
4
5
6
apt-get install lib32z1
apt-get install libstdc++5
apt-get install lib32stdc++6
apt-get install libc6-dev-i386
apt-get install gcc-multilib
apt-get install g++-multilib
要不然一会PANDORA是装不上的hhh。
会有Unsupported OS的提示，跳过即可。
如果位置不够的话可以将其他不需要的软件包取消掉，和Fortran有关的只有500M左右的东西；Intel的Fortran数学库可以不装。
License过期之后
Intel的学生License仅有一年，一年之后将不能使用编译器。这个时候如果还是学生的话只需要再次到intel那获取一个序列号，然后重装ifort就行了。卸载方法在这里有。
安装csh
sudo apt-get install csh
安装Perl
这个算是半必须的，在后面更新文件的时候作者写了个方便的perl脚本来更新，所以不装的话就得手动了。Ubuntu的具体安装方法参见这里。
文件准备
- 文件分为9个部分，其中6个是有内容的，三个是单纯用来分割的(GO部分)
- 可以将输入放在别的文件里面，用
USE (ATOM/MODEL/RESTART/INPUT/GENERAL)跑到对应文件(.atm,.mod,.res)那里去读取；在对应文件中使用USE (INPUT)退回到主控制文件；下一次对于该辅助文件的的读取将会在该位置继续进行。如果定义了FILE ( 0 FILESPEC )（wup105页），则USE (GENERAL)会去那个文件那里读。
除了这几个部分之外，我们还有几个Group（组）：
- 恒星大气模型
- 原子/离子模型
- 能级/跃迁相关的重启数据
- 与运行相关的数字和控制选项
第1、第2组数据必须提供；从0开始的运行的话第3组可以不提供；第4组基本上不用提供。
格式大坑
在写Z, TE, NH, NE等比较大的表格的时候需要按如下格式写：
1
2
3
Z ( >
-8.53000000E+05 -6.53000000E+05 -4.66000000E+05 -2.25000000E+05 0.00000000E+00
) >
不可以写成一行！虽然我也不知道为什么但是写成一行的话log文件会报类似这样的错：
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
2019-Jun-20 20:18:24 # Read input, part 2
Current contents of the caller stack:
1 YARTY
2 TRENT
3 TAY
4 BUSY
5 NADINE
6 VANILLA
7 MOCHA
8 BASIL
9 ARRAN
10 ABORT
然后aaa文件的INPUT NOTES会有这样的错误提示：
1
2
3
4
5
6
7
8
9
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14
15
16
17
Error reading FLTPT array: Z
List of valid control fields:
R r I i S s M m F f
)
Current input field: "Z "
10 20 30 40 50 60 70 80
....-....+....-....+....-....+....-....+....-....+....-....+....-....+....-....+
TE ( >
*
Unrecognizable control field. See list above.
并在CONSTRAIN之后停下来。
元素数据输入(WUP Section 10)
需要有元素才能计算电子密度等量。程序中有一个NMT行（就是有多少种元素，默认为38）9列的一个表。9列的内容分别为：元素符号(M)、原子序数(atno)、相对氢的丰度(AB)，电离能(CHI)，配分方程U-I和U-II(UI, UII)，以氢为12的对数丰度(LAB)，对数丰度的默认值(DEF)，表示默认值ref的整数(k)。当然并不是所有的内容都要手动指明。
和默认值不一样的数据需要手动输入；如果是默认表里没有的元素需要用NEWELE命令：
NEWELE ( j M atno AB CHI UI UII LAB DEF k )
这里的j代表着程序内建表的第j行，我们可以通过不同的j将表中的某一行覆盖掉。。
如果是更改某个已有元素的丰度，则可以用ELEMENT 命令：
ELEMENT ( M I1 I2 ... In )
其中M当然是要改变的元素符号了，而后面的I是成对出现的，第一个I指名要改变的数字名称（ATNO, AB, CHI, UI, UII, LAB），第二个I指名要改成的数字。举个例子，
ELEMENT ( FE AB 3.5E-5 CHI 7.87 UI 24 )
会将铁元素的丰度改为0.000035，电离能改为7.87，配分函数U-I改为24。如果有离子的话（比如HeI和HeII）记得一起都改，要不然程序会报错。
在选择上，可以用ELEMENT的就不要用NEWELE了。
元素表可以被增减；比如NMT ( 5 )只取元素表的前5个，NMT ( 39 )取整个元素表并且最后一行全为0。注意NMT不能大于50。如果不改变元素表行数的话可以省略这个语句。NMT语句要在part B，ELEMENT和NEWELE要在part D。
如果要新加元素，建议用NMT ( 39 )加一行，再用ELEMENT语句加元素。只要表里没有ELEMENT中的元素并且有空行，程序就会添加新的元素；否则程序会停止。
默认的元素为原子序数1-32, 37-40, 56加上\(\mathrm{H_2}\)。
在这里我们有两个丰度：AB和LAB。在计算上AB优先于LAB，即只要AB不为0，LAB就会跟据AB的值改变（不管有没有被指定）；只有当AB为0时AB才会根据LAB的值被算出来。同时如果AB小于0，则将AB和LAB都设为0。总之就是不要同时指定AB和LAB就好了。
参数FABD可以将除氢氦外所有元素的AB同时扩大FABD倍。
最终AB=0的元素将被排除。
原子结构文件以及原子数密度
只需要提供主运行原子的原子结构文件，可以在atom/文件夹里面找，或者自己写。原子数密度也是需要的，而且和主运行原子不同，我们考虑多少原子就要多少原子的数密度；这个可以由从0开始的PANDORA计算得出。
一般信息
原子结构文件包含：原子的能级、连续谱、能级的性质、原子能级之间的跃迁性质以及原子能级-连续谱之间的跃迁性质。
原子能级
原子能级的数量为NL，必须大于等于2。能级的量子数\(n\)和\(l\)在NLPAIR中指定（这意味着NLPAIR的长度为\(\mathrm{NL}\times 2\)）。某能级的角量子数\(l_i\)可以为-1，这个时候这个能级代表着将主量子数为\(n_i\)的所有能级合并在一起的一个合成能级；此时\(n_i\)必须大于0。氢原子的默认能级就是\(n_i = i, l_i = -1\)。在具体的各个原子能级文件中应该都细化了\(l\)值。
实际运行下来的感觉是，NLPAIR中的数字应该只起到标示的作用，/atom里面的NLPAIR基本上都和内置的能级没有关系；实际上还是按照内置的能级来填写各个参数的。RUNTOPOP标明了设定能级和内置能级的对应关系，写出来的12345是内置能级名称，这个数组的位置（坑）是设定能级的名称。
在多重线的情况下，只需指定其中一条，然后在后面用blend line等参数分裂成几条即可：
1
2
3
LDL 4 2 ( 3 ) >
DDL 4 2 ( -1.249 -.0898 0. ) >
CDL 4 2 ( .1111 .3333 .5556 ) >
如果碰撞电离系数CI为默认的话，需要指定每个能级的电子数（这是啥？）QNL。
NU指定了每个能级的能量，以频率\(10^15 \mathrm{Hz}\)作为单位。能量的0点在第一个输入的能级\(\mathrm{NU}^1\)处。类似地，NUK是联系普的能量。
其他需要的参数为：P，统计权重；CP：光致电离截面；ELSYM，元素符号；以及IONSTAGE，目标原子电离能级（比如目标是HeI那就是1）。
能级之间的跃迁
致宽与mass motion
输入参数介绍
XI：输出光谱的数据点位置，数值代表距离线心的频率。这玩意必须从0开始，单调递增，以此表示半个轮廓的采样。如果不是默认的话它的长度必须由KS指定。
选项选择
这里先仅介绍CALCULATION部分的选项、它们的默认值以及建议开启的情况。
| Name | default | Description | Comment |
|---|---|---|---|
346 ALLCICE |
*on | Compute complete set of CI and CE samples. | 由程序控制吧；有的时候没有出现 |
219 AMDIFF |
*off | Include ambipolar diffusion. | 在计算氢/氦时建议开启 |
272 AMDN1 |
*on | Use “special N1-calculation” for ambipolar diffusion, (used only if AMDIFF=ON) (NOT to be turned off). | 只有当AMDIFF开启时才有用，永不关闭 |
303 AVCON |
*off | Calculate the average of the continuum intensities I/Hz. | 一般关闭 |
307 AVELOP |
*off | Use Averaged Line Opacity. | 一般关闭。 |
245 BDCALC |
*off | Departure Coefficients calculated from all level equations, rather than from the continuum equation. | 在计算氢/氦时建议开启。 |
161 BEDIT |
*off | Edit calculated departure coefficients, to prevent negative CSF values. | 一般关闭。 |
271 BSMOOTH |
*off | Do sequential smoothing of departure coefficients. | 在计算氢时建议开启。 |
133 CALCOOL |
*off | Calculate net cooling rates. | 我认为对计算结果无影响。有需要看数据时建议开启。 |
231 CALHEAT |
*off | Calculate net heating rates. | 我认为对计算结果无影响。有需要看数据时建议开启。 |
328 CEFACTS |
*off | Use and update CE-enhancement factors when possible and needed. | 一般关闭。 |
330 CHEXLO |
*off | Use lower-level charge exchange. | 一般关闭。 |
333 CHEXLOL |
*off | Use LTE hydrogen number densities in lower-level charge exchange calculations. | 一般关闭。 |
331 CHEXUP |
*off | Use upper-level charge exchange. | 一般关闭。 |
339 CLNORM |
*on | Compute H Lyman lines normalizing factors (see also option ULNORM). | 默认开启。 |
305 COCLIPSE |
*off | Do Continuum Eclipse calculations for CO-lines wavelengths. | 一般关闭。 |
84 COLTEMP |
*off | Calculate Color Temperatures. | 一般关闭。 |
80 CONFLUX |
*off | Calculate Continuum Flux. | 有需要时开启。 |
225 COOLCO |
*off | Calculate CO-lines cooling rate. | 一般关闭。 |
194 COOLCOM |
*on | Calculate Composite Lines cooling rate (only if only one band). | 默认开启 |
140 COOLINT |
*on | Calculate integrated net cooling and heating rates. | 默认开启 |
196 COOLXRAY |
*on | Calculate X-rays cooling rate. | 默认开启 |
184 CPSW |
*on | Adjust total Hydrogen density to give constant pressure, (used only if HSE=OFF). | 默认开启 |
46 CSF |
*on | Use computed Continuum Source Function when calculating Line Source function. | 默认开启 |
166 CSFB |
*off | In line source function calculation: set BC = min(CSF, B), (if =OFF then BC = CSF); (used only if CSF=ON). | 一般关闭 |
14 CSWITCH |
*OFF | Use level-1 TR in calculation of Stimulated Emission factors for BC; (if =OFF then use TE). | 一般关闭 |
233 DOION |
*on | Do all the normal calculations related to the ion-of-the-run. | 一般开启 |
266 DSMOOTH |
*off | Do sequential smoothing in diffusion calculations. | 与diffsuion有关，在计算氢/氦时开启 |
212 DUSTEMP |
*on | Calculate new Type-2 Dust Temperature table; (used only if DUSTYPE=ON). | 默认开启 |
99 DUSTYPE |
*off | Use Type-2 method to calculate dust opacity. | 一般关闭 |
6 ECLIPSE |
*off | Calculate Continuum Eclipse Intensity (for negative “Additional Wavelengths” only). | 不明，可能需要和WAVES配合使用；一般关闭 |
208 EMERBACK |
*off | Calculate Intensity and Flux emerging from back face of finite atmosphere. | 对氦线可能有用，不过与外部光源不一样；demo中没有开启 |
55 EMERINT |
*off | Calculate emergent continuous intensities. | 氢氦时开启，应该对计算贡献函数有用 |
38 ENHANCE |
*off | Use R**2 enhancement factor in the calculation of emergent intensities; (will be switched OFF if SPHERE=ON). | 一般关闭 |
71 ENL |
*off | Edit negative values out of EP1, by interpolation using neighboring values. | 一般关闭 |
72 ENL2 |
*off | Edit negative values out of EP1, by shifting the whole set of values. | 一般关闭 |
122 EPSNEDC |
*off | Edit out negative values of “Lyman” EP1, when the “CHAIN” method (i.e. METEP=3) is used. | 一般关闭 |
185 EPSW |
*off | Replace any Source Function Epsilons less than -0.9999 by -0.9999. | 一般关闭 |
169 EXPAND |
*off | This run is for an expanding atmosphere. | 重要；大气有运动的时候需要打开 |
178 FELE |
*off | Calculate rates due to fast electrons. | 存疑；一般关闭 |
177 FELEC |
*off | Use results of fast electrons calculation. | 存疑；一般关闭 |
49 FINITE |
*off | In this calculation the medium is of finite extent. | 一般关闭 |
335 FLWBROAD |
*off | Compute flow-broadened profiles. | 一般关闭 |
60 GDS |
*off | Use geometrical dilution terms; (will be switched OFF if SPHERE=ON). | 一般关闭 |
244 GNVCALC |
*on | Determine the diffusion term GNV-1 from the non-local N-1 calculation. | 默认开启 |
332 GTNSMTH |
*on | Smooth STIM when calculating GTN(u,l). | 默认开启 |
275 GTNSTIM |
*off | Use departure coefficients, instead of number densities, in STIM for GTN(u,l). | 一般关闭 |
273 HBROAD |
*on | In a Hydrogen run, include collisional broadening for transitions above level 5. | 默认开启 |
281 HEABD |
*off | Calculate depth dependence of helium abundance (used only if AMDIFF=ON). | 一般关闭，但可能有用 |
230 HENORM |
*on | Renormalize helium number densities in the diffusion calculations. | 存疑；默认即可？ |
68 HMS |
*off | Calculate a non-LTE H- source function. | 氢时可开启 |
16 HSE |
*off | Calculate hydrostatic equilibrium; (will be switched OFF if SPHERE=ON). | 氢时可开启 |
270 HSEV |
*on | Include expansion velocity in the hydrostatic equilibrium equation. | 默认开启 |
61 ILRT |
*on | Calculate Incident Line Radiation term, (used only if INCIDNT=ON). | 默认开启 |
78 INBED |
*off | Edit negative values out of initial values of BD-ratios, (used only if RHOFUDGE=OFF). | 一般关闭 |
51 INCIDNT |
*OFF | The external radiation field is incident upon the back face of the finite medium; (unless INCIFRONT=ON). | 加外部光源的时候有用，一般和INCIFRNT一起 |
141 INCIFRNT |
*off | Radiation incident upon the front face of the medium, finite or semi-infinite (used only if INCIDNT=ON). | 加外部光源的时候有用 |
312 IRHWED |
*on | Edit input values of RHOWT. | 默认开启 |
237 JBDNC |
*off | Bypass the comparative calculation of b-ratios that are not used. | 一般关闭 |
9 LIGHT |
*on | Calculate Line spectra. | 一般开启 |
313 LINECOMP |
*off | Compare results from line source function and composite line calculations (see also LINECDMP). | 一般关闭 |
33 LTE |
*off | Calculate LTE line intensity and flux profiles. | 一般关闭；可能在计算光球层线的时候有用？ |
13 LYMAN |
*off | Calculate Level-N-to-Continuum (“Lyman”) transfer. | 存疑；氢时可开启？ |
54 MONOTAU |
*off | Force the calculated TAU values to increase monotonically. | 一般关闭 |
306 NEDIT |
*off | Edit number densities (for positive source functions). | 一般关闭 |
56 NESWICH |
*on | Compute NE in detail, (if OFF then set NE = NP). | 一般开启 |
35 NHADJ |
*on | Adjust recomputed total hydrogen density so that TAU5000 = 1 at Z = 0, (used only if HSE=ON). | 默认开启；重要，确定了Z与\(\tau\)的关系 |
319 NRSMOOTH |
*on | Smooth the nl/n1 ratios in the diffusion calculations. | 默认开启 |
262 OPANEG |
*on | Edit negative line opacity only to keep total opacity positive. | 默认开启 |
344 OPTHINL |
*off | Use the optically-thin-limit approximation. | 一般关闭 |
135 ORT |
*off | The internal radiation travels in the outward direction only. | 一般关闭 |
165 PARTVAR |
*on | Let Partition Functions vary with depth. | 一般开启 |
5 PHASE2 |
*on | Spectrum calculations, and spectrum summary analyses. | 一般开启 |
158 POPBSW |
*off | Set higher departure coefficients of population ions equal to highest computed non-LTE values. | 一般关闭 |
337 PRDMETH |
*on | Use the Hubeny-Lites, instead of the Kneer-Heasley, formulation for PRD. | 一般开启 |
79 PTN |
*on | Edit negative values out of integrands used to compute TAU. | 一般开启 |
168 QSFEDIT |
*on | Edit QSF (i.e. P.R.D. modified source function). | 一般开启 |
50 REFLECT |
*OFF | The finite medium is symmetric about the last specified depth, (used only if FINITE=ON). | 一般关闭 |
150 RHEDIT |
*off | Edit calculated net radiative bracket. | 氢氦时开启 |
106 RHOFUDGE |
*off | Fudge RHO values as necessary, to obtain acceptable values from the BD-ratio calculation. | 一般关闭 |
204 RHOWOPT |
*on | Use “Artificial TAU” in RHO/W calculation. | 默认开启 |
334 RKINCR |
*off | Enhance RK artificially (factors RKMULT). | 一般关闭 |
147 RSMOOTH |
*off | Do sequential smoothing of RHO values. | 氢氦时开启 |
62 RSQUARE |
*off | Let the Dilution Factor vary with depth. | 一般关闭 |
263 SDIRECT |
*off | Replace negative line source function values in “DIRECT” calculations by interpolated values. | 一般关闭 |
149 SEDIT |
*on | Edit calculated line source function. | 默认开启 |
145 SEDITIF |
*off | Remove negatives from frequency-dependent line source functions used for intensity and flux profiles. | 默认关闭 |
83 SLYR |
*on | Smooth out the computed “Lyman” RK1 values. | 氢氦时关闭 |
172 SNUSHFT |
*off | Apply frequency shift to P.R.D. Snu used in emergent line profile calculation. | 默认关闭 |
31 SPHERE |
*off | Use spherical coordinates for source function calculations. | 重要；控制模型几何性质 |
156 SPHETAU |
*off | Compute TAU(ray) by quadratic integration, (if =OFF then use trapezoidal rule); (used only if SPHERE=ON). | 默认关闭 |
8 SPHOUT |
*off | Use spherical coordinates to calculate Line and Continuum fluxes; (will be switched ON if SPHERE=ON). | 会随着SPHERE开关，不用自己控制 |
310 SSMOOTH |
*off | Do sequential smoothing for S-from-number densities. | 存疑；多数时候关闭？ |
304 STKWATT |
*on | Attenuate Hydrogen Stark components outside the Doppler core at each depth. | 存疑；默认开启 |
163 TANG |
*on | Include the ray tangent to each depth in angle integrations for spherical coordinates, (used only if NTAN=1). | 默认开启 |
299 TRUECONT |
*on | Compute line-free continuum as needed for exhibiting residual line profiles. | 默认开启 |
340 ULNORM |
*on | Use H Lyman lines normalizing factors (see also option CLNORM). | 默认开启 |
154 USENCJ |
*off | Compute Jnu directly, rather than from source function. | 默认关闭 |
53 USETRIN |
*off | Use the specified input values of TR to calculate RK and RL. | 取决于具体情况；一般关闭 |
321 USETSM |
*off | Eliminate TAU less than TSM from emergent intensity and from continuum JNU calculations. | 一般关闭 |
221 VELGRAD |
*off | Include velocity gradient terms in statistical equilibrium calculations. | 一般关闭 |
265 VELS |
*off | Use calculated diffusion velocity in source function calculations. | 一般关闭 |
214 VESCAPE |
*off | Use Voigt expression for the escape probability. | 一般关闭 |
173 VSWITCH |
*off | Use two broadening velocities, (if =OFF then use a single broadening velocity). | 一般关闭 |
124 WATESTE |
*on | Use logarithmic style of weighting for “Lyman” EP1,EP2. | 默认打开 |
123 WATESTR |
*on | Use logarithmic style of weighting for RHO. | 默认打开 |
326 ZCOMP |
*off | When mass is prescribed, adjust Z so that computed mass matches input mass table. | 一般关闭 |
需要注意的选项
计算氢时需要注意的选项
开：AMDIFF, BDCALC, BSMOOTH, DSMOOTH, EMERINT, HMS, HSE (SPHERE打开时关闭), RHEDIT, RSMOOTH
关：SLYR
打开AMDIFF, HSE时可能需要指定其他参数，否则会报错；BDCALC, EMERINT, RHEDIT打开之后谱线形状不错；所有带SMOOTH的参数打开之后会报错。
计算氦时需要注意的选项
开：AMDIFF, BDCALC, DSMOOTH, EMERINT, RHEDIT, RSMOOTH
关：SLYR
实验证明球面下打开以及关闭上述选项对He 10830线没有影响。
其他需要注意的选项
CONFLUX：有需要时开启。 EXPAND：大气速度 INCIDNT, INCIFRNT：外部光源 SPHERE：平面平行层或球面 RHEDIT：打开它的话需要指定另外的变量，暂不知道
PANDORA运行种类
- 氢的占据数更新
- 除了氢外的其他占据数更新
- 一般运行（应该是输出谱线的）
- 无离子运行
- 仅连续谱运行
- 仅输入运行
第1、2和第3种的区别在于，在计算谱线和连续谱吸收的时候，我们需要各个元素原子(H, HeI, HeII, CI, SiI, AlI, MgI, FeI, NaI, CaI, OI)以位置/深度为自变量的数密度以及偏离系数。这两者可以为默认的LTE/LTE计算出来的值或者是输入量。而在每次运行结束后，程序会提供对应本次运行主元素（比如SiI）的新的数密度以及偏离系数，而它们可以在下次中用作输入参数。所以当POPUP打开时，PANDORA会将这些结果写到restart文件里面，这对应一次更新运行；而当POPUP关闭时则为一般运行。这些数据可以通过SILPRNT打印出来。参数RUNTOPOP比较重要，它应该指定了用哪些参数。
第1种(?)无离子运行意味着PANDORA只将氢作为运行对象。这个时候会重新计算Z（几何深度）、NH（总的氢原子数密度）、NE（电子数密度）等；这些基本上是之后的运行所需要的。其他种类的运行并不会重新计算这些东西。
第5种仅连续谱运行和实际情况相去甚远。第4种运行做的事情比第5种多，但是性质类似。
第6种单纯检查输入参数是否足够以及正确。检查完，输出Phase0部分，就停下了。
有几个参数控制程序为哪一种运行：
JSTCN控制是否进行“连续谱运行”：>0为连续谱运行，=0不是；具体数字可以控制输入参数，请参阅wup的86页。JSTIN控制是否进行“仅输入运行”：>0为仅输入运行，=0不是NOION控制是否进行“无离子运行”：=1为无离子运行，=0不是JSTCN与JSTIN、JSTCN与NOION不可同时大于0
另外的运行选项：
ISCRS：如果打开则占用很多内存
这里提到的所有选项都为数字(JSTCN, JSTIN, NOION, ISCRS)，后边三个也可以分别用JSTIN, DOION, ISCRS选项来控制。
平面平行层大气与球面大气
如果用球面大气的话需要打开DO ( SPHERE )，并且需要指定R1N.暂时不知道为什么要加上R1N.
运行
把所有文件准备好之后，在同一个目录下运行bin/pandora就可以了；当然后面要加上一些参数，比如：
bin/pandora [options] <atm-model-name> <atom-name> <atom-n-levels> <run-id>
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-inp <input-dir>, def.: .
-out <output-dir>, def.: .
-io <dir>, equivalent to -inp <dir> -out <dir>
-stats <stats-dir>, def.: stats
-atoms <atoms-dir>, def.: atoms
-opac <opacities-dir>, def.: opacities
-bin <executable-dir>, def.: bin
bin/pandora -io 2/ -atoms 2/ demo2 h l3 001 >& 2/demo2.log
-io指定文件所在的位置，-atmos指定原子模型文件所在的位置。后面接着的是主控制文件的名称(demo1)，pandora会在-io文件夹里面寻找demo1.dat。之后是本次运行的原子名称，虽然这里没有(none)但是一般可以是氢(h)、氦原子(he1)、硅(si)等；为了避免理解偏差我建议通通写明运行原子名称。再后面是本次运行的原子的模型，为l加上能级数，如l15、l13等等，具体可查阅atoms/里面的文件名；要注意原子结构文件名是<atom-name><atom-n-levels>，在写命令的时候要对应。再接着是本次运行的名字，如果不想每次重新运行都删文件的话改这个数字（或者字母）就可以了。最后将运行情况输出到指定的.log文件里。
这部分wup里面没有明确说出来，但是我觉得应该是这样的。
另外在准备文件里面也要写明本次运行的原子名称：比如NAME ( HYDROGEN )这样。
输出
主要的输出结果在.aaa文件里面。但是它太大了（如果输出多的话），所以一般会有.aix文件作为它的目录。只要是目录里面有的部分都可以用bin/extract 'XXX' SPh.aaa.001 SPh.out.001来提取，使得世界更美好。
- 输出提取
bin/extract 'LINE (5/1)' SPh.aaa.001 SPh.line_5-1.out.001
PANDORA有自带的输出部分提取程序（作者也知道输出文件巨长…..），看了上面的例子就懂了。提取的部分名称可以到.aix文件里面去看，它相当于一个目录。.aix文件的第一列是一个各个部分的唯一标识码（如PSN144705），可以通过这个码来提取各个部分。
输出文件里面的坑
这里会记录得比较散。
LINE (X/Y)中的KPC和KL（还有其他的吸收系数）都是已经乘上了密度的
错误处理
我不会告诉你我是突然间顿悟这个东西的…..
还记得在格式大坑里面我提到的log文件中报的错误么？从1到10有一堆不明所以的名字。那其实是程序运行中报错的函数以及它的上级函数的名字。要定位aaa中的错误位置只需要在aaa文件中搜索ABORT和/或Error。
一个更详细的办法是看报错函数的倒数第二个里面在哪里引用了ABORT（因为最后一个一般是ABORT），附近的上下文里面一般都会有报错的提示。
迭代中的错误处理
如果pandora能够运行，但是跑着跑着停了，在terminal中ABORT: run stopped because of an error.以及在aaa文件中的ITERATION后面有一大堆这样的错误：
1
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3
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5
6
$%&: MOTOR Message
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Matrix inversion failed: Script-M matrix for CSF, lambda = 1.250000000000E+02 (SUB 0, OVR 1)
%&$: MOTOR End of Output ................................................
就意味着有某个或者某些需要指定的变量未指定，需要看看是哪个；具体是哪个我也不知道。
其他错误处理
Error in LUCK : trying to Open/formatted for read on unit 8; IOSTAT = 29
这个具体是指没有找到.res文件，加上就好了；其他的话去说明文档里面看看unit对应的文件，检查一下有没有。
IU = 2, IL = 1 is not an INPAIR-transition.
RHO出问题了。有的时候当程序很快就停下来的时候，看看.jrl里面的命令是否完全被读进去了。
Continuum Optical Depth, Lambda = 5.999999999994E+01 : is unacceptable.
这个一般是算出来的Z不是单调递增引起的，修改Z并restart一次一般可以解决。
–0518增补：在修改Z之前要先看看ZMASS有没有不连续的地方。有的时候直接对ZMASS进行smooth反而会引起不连续，因为ZMASS在量级上的变化很大；either不smooth，或者取对数之后smooth。
The "averaged" opacity data file is empty.
这是因为选项AVELOP被打开了但是叫做average的文件并不在主文件夹里面；参见wup第272页。Pandora-v2.2.0/tables/opacities中有一个average.dat文件，但是是空的，暂时不知道有无联系。
The given set is bad.
我遇上是在从头开始的run里面的RHO（或者Jbar）算着算着就全部变成NaN了，所以算不下去。这种情况的话测试表明将RHO selection parameters RHOPT从默认的RHOJ换成RHOS就不会报错了。可能是initial run里面RHOS需要的参数为正确初始化。这里连带出另外一个错，但是错误提示里面有说将METEP从0换成3就可以了。
DIVVY: A/B = ? because A = 8.74825511E-01 and B = 0.00E+00
如果这个错是MINNOW报的话，那么很大概率是没有给ZMASS。具体原因还是不明。
输出结果阅读理解
bin/lookat.x提供了一个在命令行里面阅读的程序，里面有解释；不过这都是老黄历的东西了，还是用extract出来用编辑器看方便。
这里就顺着.aix文件提供的目录去看看输出文件.aaa里面有些什么东西，哪些东西比较重要。
OPTIONS
顾名思义就是控制程序的所有选项（看这个长度我觉得可以认为是所有的），分为PRINTOUT, CALCULATION, MISCELLNEOUS和TEST/DEBUG。所有的选项名称都和wup里面的选项名称对应，输出中也包含了选项的开关以及解释。
TABLES
这里主要是谱线计算的一些事先算好的表格，有用信息似乎不多。
ITERATES
呈现的是各个参数（不是全部）各次迭代除以最后一次的比例。
PROF
PROF分为Background Intensity, Background Flux, Line-free Intensity, Line-free Flux和Profile，其中Intensity和Profile分\(\mu\)，Flux不分，Profile没有明确的章节头。 暂未知打开SPHERE后会有什么变化。
示例文件
这里给出了7个示例，前4个有详细说明。
- 示例一是单文件作为输入的第1种运行（氢的占据数更新）
- 示例二和示例一是一样的，只不过用了多个输入文件
- 示例三是示例二的重启运行
- 示例四是从0开始的第3种运行
示例一
bin/pandora -io 1/ -atoms 1/ demo1 none '' 001 >& 1/demo1.log
有几个地方是需要看看运行效果的：
- “Plot of log10s of ST…“中\(S(n)\)和\(S\)应该要接近
- 在RHO AND RBD中的”Consistency CHECKS”的数字如果接近1，则说明可以（但是不代表迭代完成了）
- LEVEL 1 TO K中RK-1的”Old/New”数字应该靠近1
- 最后的”Iterative Ratio”不应该有大的波动
- NE不应该有大的波动（在哪里？）
.atm文件和主控制文件必须分开，这里只是简单地将主控制文件复制了一份。
示例二
bin/pandora -io 2/ -atoms 2/ demo2 h l3 001 >& 2/demo2.log
之前说了示例二和示例一是完全一样的，只是将文件分开了，那么为什么命令也不一样了呢？实际上有本质区别的只有h和l3两个地方,l3指明了原子结构文件的文件名为hl3.atm，而h指明了主控制文件的文件名为demo2h.dat。
.dat文件可以分为.mod, .atm, .res, .dat文件，对应wup361页示例一中提到四个Group。
.atm：原子/离子的模型数据.mod：大气模型的数据.res：.rst文件提供的数据以及Lyman计算.dat：文件头、控制选项、文件结构(GO)
具体内容其实没什么所谓，是用USE语句控制的。不过这么划分对批处理有好处。
示例三
bin/pandora -io 3/ -atoms 3/ demo3 h l3 001 >& 3/demo3.log
示例三是示例二的重启运行（人类的本质是复读机，对吧）。这个时候示例二中提到的.res文件实际上就是输出的.rst文件。如果不改名字的话，可以先将旧的.res文件删掉，再将.rst改成.res。其次是恒星大气模型中从0(或LDR)开始计算的一些值：NE, NP, HN 1, …, HN 15, BDH 1, …, BDH 15现在是从.pop文件中复制过来的。.msc中也会有一些更新了的参数，比如说FNRMLA, FNRMLB。
示例二中的hl2.atm可以直接拿到示例三中使用（我估计以后我也是这么做），但是作者这里还加了点东西。有一些东西是atom/的文件里面没有的，所以还是要具体看看加了什么。
示例三的.dat也被改变了。
示例四
bin/pandora -io 4/ -atoms 4/ demo4 mg2 l2 001 >& 4/demo4.log
这是一个Mg-II的从0开始的运行；.atm里面是Mg的一个二能级模型，用的是PRD。但是PRD参数并不储存在.atm里面（因为RD信息和原子模型没有关系）。
GMMA似乎是PRD的一个好坏目标？越接近-1越好的样子。
.mod文件里面包含了H, He-I, He-II, C-I, Si-I的密度信息(XXK, XXN等)；这些是之前占据数更新运行的结果。
重启这个示例的运行也是很简单的，删掉.res文件，将.rst改成.res；同理将.jnr改成.jnu，把.dat文件里面该改的改掉。注意JNUNC需要大于0。
示例六
示例六是一个很重要的例子。这里面的模型实际上就是Dupree+2013中的巨星模型。由于它比较重要，在这里我们逐行解释模型和输入文件的意思。
我们要解决的问题：
- 为什么简单模型里面提高TR温度会使得H-alpha线变成发射而Dupree+13中的不会？是因为有些选项不是默认了吗？
H线部分
我们从leidh.dat以及leid.mod开始。
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> LEID MODEL LEID 5 L H ITER 07-17 13-Oct-24
> ---------1------------1------------1------------1------------1
>
USE ( MODEL ) >
一开始我们就从leid.dat跳到了leid.mod中，读取leid.mod中的行直到遇上USE ( INPUT ) > 。
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>
> M O D E L LEID
>
omit ( AVELOP ) >
OMIT ( AVOPRNT ) >
omit ( INCIDNT ) >
do ( INCIFRNT ) >
DO ( INTEDIT ) >
omit ( VTV ) >
omit ( SPHERE ) >
AVELOP默认是关闭的，这里写不写都可以。INCIDNT也应该关闭，除非我们明确有额外的光源从高处照下来。INCIFRNT虽然开启，但是因为INCIDNT所以应该是没用的（需要确认）。INTEDIT应该会改变了输入的温度，但是我觉得不需要开。VTV会使得VT(turbulent pressure velocity)和V(broadening velocity=microturbulent velocity)相等，默认是开启的。不知道为什么要关闭。SPHERE是最奇怪的一点，论文里面说是球面的，但是这里却关闭了。
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NKA ( 9 ) >
NVH ( 23 ) > number of HNDV, VNH values
NGM ( 0 ) >
NCQ ( 5 ) >
INK ( 6 ) > number of XINK, FINK values
LLY ( 0 ) >
>
NAB ( 1 ) > length of BANDL (number of bands)
BANDL ( 3000. ) BANDU ( 8000. ) >
NKA是ZALBK的长度，默认为2；ZALBK是背景谱线不透明度的散射反照律常数。不知道为什么后面没有指定这个值。NVH指定的是前多少个V的值是从太阳里面来的。NGM操作和NVH一致，控制的是G multiplier的值，不要指定为好。NCQ、INK、LLY、NAB同理。
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N ( 72 ) >
>
NLH ( 15 ) >
NLZ ( 13 ) >
NZ2 ( 8 ) >
> NLC ( 0 ) >
> NLS ( 0 ) >
> NAL ( 0 ) >
> NMG ( 0 ) >
> NFE ( 0 ) >
NNA ( 8 ) >
> NCA ( 8 ) >
> NLO ( 14 ) >
> NO2 ( 0 ) >
> NO3 ( 0 ) >
> NLU ( 0 ) >
>
USE ( INPUT ) >
这一堆NXX说明的是输入文件中元素能级population被指定的数量，比如NLZ ( 13 )指的是He-I有13个能级的population被指定，后面肯定有HEN 1-13这堆东西。
然后我们就回到leid.dat里面了。
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>
USE ( ATOM ) >
使用默认的原子能级数据，不多说了。
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K ( 55 ) >
kmmax ( 700 ) >
> kstmax ( 35 ) >
NWV ( 11 ) >
> nvx ( 1 ) >
K就是KS，XISYM的长度；这个玩意儿决定了合成光谱覆盖的长度；这个设置意味着合成光谱还是挺宽的。kmmax是XIFUL的长度限制，防止占用内存太大，我觉得可以不设定。kstmax是kst的最大值，kst是XISYMT的长度。NWV是WAVES的长度，WAVES是连续谱计算的额外的波长点，设定之后会在输出里面多出一个XX.XX NANOM的章节，XX是设定的波长。这个设定非常有用，这一节提供了不透明度、光深、连续谱源函数、吸收源函数等对计算形成位置很有用的信息（特别是线翼的形成位置）。NVX是VX表格的数量，VX设定了计算谱线时候大气额外的膨胀速度；VXS是计算源函数时候的膨胀速度，它比VX更基本。
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L ( 6 ) > length of MU (not needed when sphere=on)
LF ( 6 ) > length of MUF (not needed when sphere=on)
这俩是视线方向的位置（MU、MUF）的数量，MU为1是圆面中心，越小越往边缘走。在SPHERE打开之后不用管。
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do ( addcopr ) >
do ( adn1dmp ) >
omit ( all ) >
omit ( bdprnt ) >
omit ( bdgraf ) >
omit ( bdqprdt ) >
omit ( cijprnt ) >
omit ( comprk ) >
do ( conflux ) >
omit ( didhc ) >
do ( dpdwprnt ) >
do ( elecprnt ) >
do ( emigraf ) >
DO ( EMIPRNT ) >
do ( emisum ) >
do ( EPCOMP ) >
omit ( every ) >
omit ( fdbcopr ) >
omit ( flwbroad ) >
DO ( HELPRNT HEL2PRNT ) >
DO ( HMS ) >
omit ( indprnt ) >
do ( komprnt ) >
omit ( lbdprnt ) >
omit ( linecopr ) >
omit ( LSFGRAF ) >
omit ( LSFPRNT ) >
omit ( LYMAN ) >
DO ( OPAPRNT ) >
omit ( origin ) >
omit ( orshort ) >
do ( phase2 ) >
omit ( PIJPRNT ) >
omit ( prdprnt ) >
omit ( procprnt ) >
DO ( PROSAV ) >
omit ( rateall ) >
omit ( ratecopr ) >
omit ( RATEFULL ) >
OMIT ( RATEGRAF ) >
do ( rateprnt ) >
omit ( ratesumm ) >
do ( rhbprdt ) >
do ( RIJPRNT ) >
omit ( sebug ) >
omit ( secomp ) >
do ( seprnt ) >
do ( SPECSAV ) >
do ( stimprnt ) >
do ( tauprnt ) >
OMIT ( TEGRAF ) >
omit ( waveprnt ) >
omit ( wtabprnt ) >
DO ( ZPRNT ) >
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omit ( amdiff ) > -
do ( bdcalc ) > *
do ( bsmooth ) > *
omit ( calcool ) > -
omit ( cefacts ) > -
omit ( clnorm ) > *
omit ( diffana ) > *
do ( dsmooth ) > *
do ( emerint ) > -
omit ( expand ) > -
omit ( henorm ) > *
do ( HSE ) > *
omit ( nedit ) > -
do ( prdmeth ) > -
do ( rhedit ) > *
do ( rsmooth ) > *
omit ( sedit ) > *
OMIT ( SLYR ) > *
omit ( sphere ) > **
omit ( SSMOOTH ) > -
omit ( ulnorm ) > *
omit ( zcomp ) > -
>
GO >
这里的各种选项我把它们分成了输出组和计算组，输出组（第一组）应该对结果没有影响，计算组（第二组）后面如果带减号则和默认一致，星号则和默认不同。
有个特点是和Lyman有关的基本上都是关闭的，这可能是导致Lyman线Ratio错误的原因，但是我们这里不关心它们。另外是一些细致的计算和smooth被打开了。
打开以及关闭SPHERE对结果稍有影响（废话），但是是一致的。到这里B部分结束。
我尝试了将和默认一致的选项全部删去时结果是不是一样的。结果是一样的（那你这个模型还写这么多！）
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>
> jstin ( 1 ) >
>
USE ( MODEL ) >
>
jstin控制是否仅进行输入运行，1为仅输入运行但是这里被注释掉了。然后我们继续跑到模型文件里面。
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>
> M O D E L LEID
>
MODLAB ( LEID ) >
>
ELEMENT ( HE LAB 11.3 ) > was 10.60, 11.22, 10.923, 10.85, 10.75, 11.3, 11.1
ELEMENT ( HE2 LAB 11.3 ) > was 10.60, 11.22, 10.923, 10.85, 10.75, 11.3, 11.1
ELEMENT ( LI LAB 1.1 ) >
ELEMENT ( BE LAB -1.01 ) >
ELEMENT ( B LAB .51 ) >
ELEMENT ( C LAB 5.82 ) >
ELEMENT ( N LAB 7.76 ) >
ELEMENT ( O LAB 7.219 ) >
ELEMENT ( O2 LAB 7.219 ) >
ELEMENT ( O3 LAB 7.219 ) >
ELEMENT ( F LAB 2.37 ) >
ELEMENT ( NE LAB 6.14 ) >
ELEMENT ( NA LAB 3.91 ) >
ELEMENT ( MG LAB 5.6 ) >
ELEMENT ( AL LAB 3.18 ) >
ELEMENT ( SI LAB 5.77 ) >
ELEMENT ( P LAB 3.22 ) >
ELEMENT ( S LAB 5.33 ) >
ELEMENT ( CL LAB 3.31 ) >
ELEMENT ( AR LAB 4.61 ) >
ELEMENT ( K LAB 3.13 ) >
ELEMENT ( CA LAB 4.76 ) >
ELEMENT ( SC LAB .69 ) >
ELEMENT ( TI LAB 2.65 ) >
ELEMENT ( V LAB 1.56 ) >
ELEMENT ( CR LAB 3.52 ) >
ELEMENT ( MN LAB 2.74 ) >
ELEMENT ( FE LAB 5.73 ) >
ELEMENT ( CO LAB 2.48 ) >
ELEMENT ( NI LAB 3.88 ) >
ELEMENT ( CU LAB 2.0 ) >
ELEMENT ( ZN LAB 2.26 ) >
ELEMENT ( GA LAB .85 ) >
ELEMENT ( GE LAB 1.46 ) >
ELEMENT ( RB LAB 2.68 ) >
ELEMENT ( SR LAB .79 ) >
ELEMENT ( Y LAB -.41 ) >
ELEMENT ( ZR LAB -.25 ) >
ELEMENT ( BA LAB -.20 ) >
MODLAB定义了这个大气模型的名字，你喜欢的话叫村花也没人会抗议的。后面的一堆ELEMENT请参阅前面章节。ELEMENT的选择非常重要！对H-alpha线有很大的影响！
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KURIN ( 6 ) >
>
NABS ( 22 23 39 42 43 44 45 ) >
>
ndwm ( 36 ) >
KOELS ( 0 ) >
>
HNDV ( >
1.E+05 3.E05 1.E+06 3.E+06 1.E+07 3.E+07 1.E+08 3.E+08 1.E+09 3.E+09 >
1.E+10 3.E+10 1.E+11 3.E+11 1.E+12 3.E+12 1.E+13 3.E+13 1.E+14 3.E+14 >
1.E+15 3.E+15 1.E+16 >
) >
VNH ( >
30. 30. 29.5 26. 27. 25. 23.7 22.5 21. 5.3 >
5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 >
5.3 5. 5. ) >
KURIN指定程序使用Kurucz中的谱线不透明度中的哪个。它们被储存在了opacities/statistical.dat中，需要换不同的值去测试有什么影响。[尝试从6换到了1，没有影响。]
NABS可以删除背景不透明度中包含的absorber/emitter，数字可以在输出的ATMOSPHERE中的’List of potential contributors to “continuum” or “background” absorbtion and emission’部分查到。注释掉它的话H-alpha和H-beta线就变成了发射线，所以应该是其中的某个东西发射了。
ndwm指明了多普勒致宽的基准位置，可能是没有致宽和有致宽之间的那几个点。在这里它和默认值是一样的。
KOELS是ORIGIN（光强形成位置）中每条线的输出开关，打开之后可能输出更多的东西。
HNDV是与VNH对应的氢密度表格，VNH是V的标准表格，V是致宽速度，也就是文章中的turbulent。这是因为turbulent或者说V并不需要和Z
Z一样，可以短一点，这个时候HNDV就起到一个定位的作用了。需要改变V的取值看看谱线宽度怎么变化。[将V全部改成0之后发现线翼稍微窄了一点，线心深了一点，和预期类似；但是幅度不大，可能因为是在高处才有大的速度。结论是影响不大。]
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> IRTIS ( 1 ) > default = 2, which uses log(FINK)
> XINK ( 9.5 10. 500. 501. ) >
> XINK ( 5.94 5.95 9.83 9.84 ) >
> FINK ( M 1.E-15 0. 0. 0. 0. ) >
XINK ( 5.948 5.949 7.48 7.51 13.16 13.17 ) >
FINK ( M 5.E-11 0. 3. 3. 0. 0. 0. ) >
IRTIS ( 1 ) >
这堆命令控制的是入射的辐射（可能是在模型之外入射的辐射？）。XINK指定入射光的频率，FINK指定入射光的强度，IRTIS控制XINK和FINK的内插/外推方式，究竟是在XINK中线性还是log(XINK)中线性这样。上面使用的是默认的设置。需要注释掉看看有什么变化。[全部改成0之后谱线似乎没什么很大的改变，应该可以保持默认。]
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> R1N ( 1.39E7 ) > = 20 solar radii
> R1N ( 2.09E7 ) > = 30 solar radii
R1N ( 5.88E7 ) > = 84 solar radii
FABD ( 1. ) >
CLOGG ( 1.74 ) >
WZM ( .8 ) >
R1N的字面意思是距光源的距离，实际上基本上是作为恒星半径使用。大概是把色球层开始的地方作为一个恒星半径。[改变R1N的值对最后的谱线轮廓影响不大。]
FABD是元素丰度的乘数，所有的元素丰度都会乘上这个值，默认是1（奇怪的乘数真多啊）。
CLOGG是\(\log{\mathrm{surface gravity}}\)，就是平常的logg。不指定的话就会用CGR，和太阳的logg比值。所以之前我一直用的是太阳的logg值……[但是将CLOGG增加到2.74谱线也没什么变化？为什么？]
WZM是Z的权重，默认是0.8。当我们要求Z表要和别的表相匹配的时候（MASS什么的）它会参与计算。
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Z ( >
-1.34498000E+07 -1.21944000E+07 -1.12022000E+07 -1.02707000E+07 -9.37975000E+06
...
2.62733008E+04 2.90250000E+04
) >
TE ( >
1.32412000E+05 1.22873000E+05 1.14001000E+05 1.05571000E+05 9.73640000E+04
...
9.06100000E+03 9.29800000E+03
) >
> UPDATE
> LEID MODEL LEID 5 L H ITER 52-62 13-Mar-21
NE ( >
1.15703990E+04 1.93011710E+04 3.01664670E+04 4.74718253E+04 7.59880490E+04
...
7.09270054E+14 8.86317471E+14 ) >
> LEID MODEL LEID 5 L H ITER 52-62 13-Mar-21
ZME ( >
1.11121707E-04 1.11121707E-04 1.11121707E-04 1.11121707E-04 1.11121707E-04
...
7.81938802E-06 9.47751718E-06 ) >
> LEID MODEL LEID 5 L H ITER 52-62 13-Mar-21
NC ( >
2.17200027E+04 3.62503735E+04 5.67030110E+04 8.93539750E+04 1.43384253E+05
...
1.41854011E+15 1.77263494E+15 ) >
> LEID MODEL LEID 5 L H ITER 52-62 13-Mar-21
BDHM ( >
4.49889182E+03 3.97155540E+03 3.54675044E+03 3.15856061E+03 2.79582013E+03
...
1.00172011E+00 1.00163211E+00 ) >
> LEID MODEL LEID 5 L H ITER 32-39 12-Aug-06
NH ( >
8.70412526E+03 1.45353581E+04 2.27573370E+04 3.59175776E+04 5.77983267E+04
...
9.55204350E+15 9.40788717E+15 ) >
USE ( INPUT ) >
这堆就是正常操作了，模型中最重要的温度密度等参数。要留意除了Z和TE之外其他都是经过更新的，以及NC在手册上标的是在H部分，但是这里是在D部分，所以实际上可能是需要在D部分的。这些读完之后又回到了主控制文件。
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lwnt ( 10 ) > for KOMPRNT
>
> idfsw ( 1 ) > for dI/dh at every line wavelength
>
iwsmd ( 1 ) >
ibnview ( 50 ) >
iprdd ( 10 ) iprdf ( 20 ) >
LWNT是控制KOMPRNT里面输出的命令，控制输出（谁的？）不透明度的波长间隔，默认是1。
idfsw就和注释说的一样，控制输出dI/dh。
IWSMD应该是控制WAVE SUM输出的内容。
ibnview是决定用哪个depth index去呈现BD和ND计算的值。
IPRDD控制输出PRD结果的depth index间隔，比如每隔10个；默认是1。
IPRDF控制输出PRD结果的频率间隔，比如每隔20个；默认是1。
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ZXMIN ( 40. ) MNG1 ( 77 ) > MN1 ( 38 ) >
kdiag ( 5 ) kdifd1 ( 2 ) kdamp ( 0 ) n1nup ( 1 ) mdfg ( 0 ) >
kdifgs ( 2 ) ipdij ( 0 ) nefdf ( 2 ) kbnds ( 0 ) kb1ws ( 2 ) >
kb1wa ( 52 ) kb1wb ( 54 ) ldfd1 ( 1 ) >
>
KOOLSUM ( 5 ) >
>
USE ( ATOM ) >
>
ZXMIN、MNG1和MN1是双极扩散的计算数值，不知道为什么这里要指定（因为amdiff没有打开）。
下面三行的东西应该都是扩散的计算细节，之后整体注释掉看看有没有很大的变化。[没有任何变化，应该是因为双击扩散没有打开。]
KOOLSUM控制哪些成分在计算Total Cooling Rate中被加进了Total Hydrogen里面；具体见Note*41。也需要改变它的值看看有没有变化[没有任何变化]
然后又跑到ATOM里面去了，这就不说了，继续看主控制文件的内容。
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>
cimethod ( -clark shah johnson onthefly ) >
cemethod ( -scholz pb -aggrwl johnson onthefly ) >
CIMETHOD和CEMETHOD是计算CI的方法选择器，分别接受CLARK, AR, VORONOV, JOHNSON, VS, SHAH, ONTHEFLY和SEATON, VREGE, SCHOLZ, PB, VS, JOHNSON, AGGRWL, ONTHEFLY这些参数。想打开的话将参数放到括号里面即可，关闭的话在前面加个减号（注意它们有默认打开的参数）。
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CSDW ( 1. ) FSTKM ( 1. ) ISTARK ( 89 ) >
IHSSW ( 1 ) >
这些参数和Stark致宽有关，都是默认值。
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jedit ( 1 ) jnedp ( 1 ) >
这两个和N-editing有关，暂时不知道是什么意思。
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LSFPRINT 2 1 ( 1 ) LSFFDB 2 1 ( 1 ) PROF 2 1 ( 1 ) >
LSFPRINT 3 1 ( 1 ) LSFFDB 3 1 ( 1 ) PROF 3 1 ( 1 ) >
LSFPRINT 3 2 ( 1 ) lsffdb 3 2 ( 1 ) prof 3 2 ( 1 ) >
LSFPRINT 4 2 ( 1 ) lsffdb 4 2 ( 1 ) prof 4 2 ( 1 ) >
LSFPRINT 5 2 ( 1 ) lsffdb 5 2 ( 1 ) prof 5 2 ( 1 ) >
>
LSFTYP 4 2 ( 1 ) >
LSFTYP 4 3 ( 1 ) >
LSFTYP 5 2 ( 1 ) >
LSFTYP 5 3 ( 1 ) >
LSFTYP 5 4 ( 1 ) >
LSFPRINT控制输出的line source function详细程度，默认是1；LSFFDB是LSF背景选择，用1应该好一点。PROF就不用说了，有它才有谱线出来。
LSFTYP是解LSF方法的选择器，一般是1（参见Note*48）。
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KRATE 3 2 ( 2 ) >
KRATE 4 2 ( 2 ) >
KRATE 4 3 ( 2 ) >
KRATE 5 2 ( 2 ) >
KRATE 5 3 ( 2 ) >
KRATE 5 4 ( 2 ) >
>
BLCSW 2 1 ( 15 ) BLCSW 3 1 ( 15 ) BLCSW 3 2 ( 15 ) >
>
USE ( RESTART ) >
>
KRATE控制统计平衡方程里面某些项的建立。1是从密度计算，2是从Jbar计算（可能2比较好？）
BLCSW是damping constent选择器，决定有无辐射, van der Waals, Stark, resonance, ion collision致宽。应该是重要的参数[改变的话对线心轮廓有比较大的影响。]
然后RESTART文件里面有一大堆参数，需要参考restart过程从rst文件中搞过来。
继续看主控制文件。
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metse 2 1 ( 1 ) >
metse 3 1 ( 0 ) >
metse 3 2 ( 1 ) >
metse 4 1 ( 0 ) >
metse 4 2 ( 1 ) >
metse 4 3 ( 1 ) >
metse 5 1 ( 0 ) >
metse 5 2 ( 1 ) >
metse 5 3 ( 1 ) >
metse 5 4 ( 1 ) >
metse决定了怎么去计算统计平衡方程。输出的LINE (U/L)中有推荐方法，可以去那里看。
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smooth 2 1 ( IFS 25 ILS 40 WSM .5 ) >
RHO的平滑方法。WSM是平滑强度，其他两个控制平滑的范围。
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IOMX ( 11 ) >
迭代的次数。
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bdopt ( bdr ) rhopt ( rhos ) >
wrmn ( 0.4 ) wrmx ( 0.9 ) >
bdopt是选择计算b-ratio的方法，在输出文件的RHO AND RBD中有讲。rhopt类似。可能要调试一下。[谱线整体稍微变浅了一丢丢。]
wrmn和wrmx是调整RHO的权重的系数，不知道有什么用（Note*131）
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TMS ( 1.E+10 ) > quadratic for larger tau
TLARGE ( 500. ) TSMALL ( 1.E-10 ) >
TSM ( 1.E-10 ) >
不知道，调试吧。[谱线整体稍微变浅了一丢丢。]
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> WAVES ( 1025.6 150.0 60.0 ) >
> WAVES ( 911.7 ) >
WAVES ( 227.5 227.9 399. 399.2 400.6 400.8 503.8 504.1 >
911.75 5000.0 6565. ) >
额外算的连续谱不透明度。
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> NABS moved to .mod file
>
CWJ ( 0.4 ) CWR ( .05 ) >
HSEC ( .9 ) HEL ( .9 ) >
不知道，调试吧。[没有区别]
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WEP ( .9 ) >
LMT ( 5. ) LMF ( 0. ) LME ( .001 ) >
WSM ( .3 ) INFSM ( 60 ) INLSM ( 70 ) >
LMB ( 500. ) >
> YL ( -3. ) YLYM ( F -3. ) > ***************omit when lyman=off
> EXLYM ( 1.E6 ) TGLYM ( 1.E6 ) > ***********omit when lyman=off
> METEP ( 1 ) > method in LYMAN
> kxlym ( 0 ) >
有关Lyman线的东西，调试。[没有区别，和预期一样]
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POPUP ( HYDROGEN ) >
需要更新的元素
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WPOP ( .9 ) >
WBD ( .9 ) >
数密度和departure coefficient更新权重。
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NDW ( 60 ) >
和ND差不多的玩意儿。
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WZM ( 0. ) > weight for newly calculated Z
FZLIM ( 1.1 ) > Z from MASS limiting parameter
如注释所说。
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> CVW 3 2 ( .0 ) >
> CSK 3 2 ( .0 ) >
> CRS 3 2 ( .0 ) >
van de Waals, Stark, resonance致宽宽度。Section 19。
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> XI ( 0. 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 >
...
> 48. 48.5 49. 49.5 50. ) >
XI ( 0. .1 .2 .3 .4 .5 .6 .7 .8 .9 1. 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 >
1.6 1.7 1.8 1.9 2. 2.2 2.4 2.6 2.8 3. 3.2 >
3.4 3.6 3.8 4. 4.25 4.5 4.75 5. 5.25 5.5 5.75 >
6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 14. 16. 18. 20. >
25. 30. 35. 40. 45. 50. >
) >
> KST 2 1 ( 44 ) >
> XISYMT 2 1 ( 0. .2 .4 .6 .8 1. 1.2 1.4 1.6 1.8 2. 2.2 2.4 2.6 2.6 2.8 >
> 3.6 4. 4.5 5. 6. 8. 10. 12. 15. 20. 30. 40. 60. >
> 80. 100. 150. 200. 250. 300. 350. 400. 450. 500. >
> 550. 600. 650. 700. 750. 800. ) >
>
> KST 3 1 ( 33 ) >
> XISYMT 3 1 ( 0. .2 .4 .6 .8 1. 1.3 1.6 2. 2.5 3. 3.5 4. 4.5 5. 6. >
> 8. 10. 12. 15. 20. 30. 40. 60. 80. 100. 120. 140. >
> 180. 230. 280. 350. 400. ) >
谱线覆盖的频率点/单条谱线覆盖的频率点。
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JNUNC ( 1 ) >
如果有JNU的话，JNUNC设为1可以读入JNU。
1
idex ( 50 ) >
控制输出的东西。
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> SCH 2 1 ( 1 ) GMMA 2 1 ( -0.99 ) XC 2 1 ( 2. ) XR 2 1 ( 0.005 ) >
> SCH 3 1 ( 1 ) GMMA 3 1 ( -0.99 ) XC 3 1 ( 2. ) XR 3 1 ( 0.010 ) >
> drlim ( 0.005 ) >
>
> YFLUX ( .1 ) >
>
被注释了，先不管。应该是PRD的东西。
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VXS ( >
1.00000000E+02 1.00000000E+02 1.00000000E+02 1.00000000E+02 1.00000000E+02
1.00000000E+02 1.00000000E+02 1.00000000E+02 1.00000000E+02 1.00000000E+02
1.00000000E+02 1.00000000E+02 9.95000000E+01 9.80000000E+01 9.60000000E+01
9.30000000E+01 8.90000000E+01 8.20000000E+01 7.50000000E+01 6.70000000E+01
6.00000000E+01 5.40000000E+01 4.95000000E+01 4.60000000E+01 4.30000000E+01
4.00000000E+01 3.70000000E+01 3.40000000E+01 3.10000000E+01 2.70000000E+01
2.25000000E+01 1.80000000E+01 1.20000000E+01 0.60000000E+01 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00
) >
GO >
turbulence速度。part D结束。
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> cvx ( 20. ) >
见Section 16.
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MUF ( 1.0 .9 .7 .5 .3 .1 ) >
MU ( 1.0 .9 .7 .5 .3 .1 ) >
视线方向指定。开了SPHERE就没有用了。
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lpmlr ( 1 ) >
mass loss rate输出的开关。
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CORMIN ( 6500. ) >
CORMAX ( 6700. ) >
ORIGINS和CONTRIBUTORS的输出控制。
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cvxf ( 300. ) wfb ( 0. ) fbvmx ( 100. ) >
flow broadening的东西，调试。[没有变化]
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GO >
>
USE ( MODEL ) >
结束了！
CaII线部分
这里就不说ATOM和MODEL的部分了。之前重复过的也不写了。
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> LEID MODEL LEID 5 L CA-II ITER 05-15 13-Apr-13
> ---------1------------1------------1------------1------------1
>
USE ( MODEL ) >
USE ( ATOM ) >
>
K ( 39 ) >
>
LF ( 7 ) >
> L ( 7 ) >
NWV ( 3 ) >
> nvx ( 1 ) > number of additional expansion velocities
DO ( ADDCOPR ) >
OMIT ( COMPCOPR ) >
OMIT ( EMERINT ) >
DO ( EMIPRNT ) >
do ( expand ) >
omit ( flwbroad ) >
OMIT ( iterrho ITERS ) >
DO ( LINECOPR ) >
OMIT ( METSW ) >
DO ( OPAPRNT ) >
DO ( PHASE2 ) >
do ( prdmeth ) >
omit ( procprnt ) >
OMIT ( RATEFULL ) >
do ( RCOMPRNT ) >
DO ( RHBPRNT ) >
omit ( secomp ) >
omit ( SPECSAV ) >
do ( sphere ) >
do ( STANDARD ) >
omit ( truecopr ) >
DO ( TAUPRNT ) >
OMIT ( WAVEPRNT ) >
>
GO >
>
USE ( MODEL ) >
>
USE ( ATOM ) >
ldint ( 20 ) >
>
KRATE 4 2 ( 2 ) KRATE 5 2 ( 2 ) KRATE 5 3 ( 2 ) >
PROF 4 1 ( 1 ) progli 4 1 ( 2. ) >
PROF 4 2 ( 1 ) progli 4 2 ( 2. ) >
PROF 5 1 ( 1 ) progli 5 1 ( 2. ) >
PROF 5 2 ( 1 ) progli 5 2 ( 2. ) >
PROF 5 3 ( 1 ) progli 5 3 ( 2. ) >
>
USE ( RESTART ) >
>
metse 4 1 ( 4 ) metse 5 1 ( 1 ) >
METSE 4 2 ( 1 ) METSE 5 2 ( 1 ) >
>
IOMX ( 11 ) >
>
TSM ( 1.E-7 ) >
TMS ( 1.E+7 ) >
XI ( 0. .1 .2 .4 .6 .8 1. 1.2 1.4 1.6 1.8 2. 2.2 2.4 2.6 2.8 3.
3.3 3.6 4. 5. 6. 8. 10. 15. 20. 25.
30. 35. 40. 50. 60. 80. 100. 120. 140. 160. 180. 200. ) >
BDOPT ( BDQ ) RHOPT ( RHOS ) CWR ( .1 ) >
wrmn ( 0.5 ) wrmx ( 1.0 ) >
WPOP ( .6 ) >
NDW ( 55 ) >
>
JNUNC ( 1 ) >
XCL ( 2. ) >
> SCH 4 1 ( 1 ) XC 4 1 ( 2. ) XP 4 1 ( 2. ) GMMA 4 1 ( -1. ) >
> SCH 5 1 ( 1 ) XC 5 1 ( 2. ) XP 5 1 ( 2. ) GMMA 5 1 ( -1. ) >
>
WAVES ( 3934.8 3952. 3969.5 ) >
>
VXS ( >
1.00000000E+02 1.00000000E+02 1.00000000E+02 1.00000000E+02 1.00000000E+02
1.00000000E+02 1.00000000E+02 1.00000000E+02 1.00000000E+02 1.00000000E+02
1.00000000E+02 1.00000000E+02 9.95000000E+01 9.80000000E+01 9.60000000E+01
9.30000000E+01 8.90000000E+01 8.20000000E+01 7.50000000E+01 6.70000000E+01
6.00000000E+01 5.40000000E+01 4.95000000E+01 4.60000000E+01 4.30000000E+01
4.00000000E+01 3.70000000E+01 3.40000000E+01 3.10000000E+01 2.70000000E+01
2.25000000E+01 1.80000000E+01 1.20000000E+01 0.60000000E+01 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00
) >
GO >
>
> MUF ( 1. .8 .6 .4 .2 .1 .05 ) >
> MU ( 1. .8 .6 .4 .2 .1 .05 ) >
> MUF ( 1. ) >
> MU ( 1. ) >
>
GO > part G
>
USE ( MODEL ) >
>
GO > part I
需要留意的参数们
ELEMENT
这个是要调整的。为什么示例文件里面的ELEMENT有复数？
NABS
这个会对谱线轮廓产生巨大变化，而且暂无对应关系，需要问Dupree。
V
V的重要性应该不用说了，反正是需要考虑以及修改的。
CLOGG和R1N
我还以为logg可以通过具体的高度密度安排来体现，结果也是需要指定的。
KRATE
改变这个会对线心部分的轮廓有比较大的影响.
XINK和FINK
这俩倒是对结果没什么很大的影响，不过我还没测试将FINK调到一个很高的值会怎么样，以及对于He线来说有了高温层之后还需不需要外加的辐射。
BLCSW
改变的话对线心轮廓有比较大的影响。
Section 9：背景谱线不透明度
PANDORA在计算谱线源函数的时候需要知道bakcground opacity，或者说是background continuum。这应该指的是OASP中的连续吸收系数。这一节主要讲的是连续吸收系数中其他谱线的贡献以及计算方式。
如果是同种元素的谱线，那么PANDORA中的”blended line”机制可以搞定；对于其他的谱线，一般PANDORA会考虑H，He-II，CO的谱线（可以在输出的ATMOSPHERE中进行确认）。
Section 18：合成频率表
这其实就是合成光谱的频率点；PANDORA有内置的一个表，或者通过指定某些频率，我们可以控制合成光谱的采样点分布。这对于一些宽线（比如CaII H&K）有用。
XISYM（长度为KS）指定一个通用的轮廓，对所有线都生效；XIBLU（长度KB）指定蓝半边，
合并程序pmerge
PANDORA的运行不是互相独立的。一般来说我们需要先运行H，再运行He，然后运行我们想要的其他元素。在H和He的运行中，我们需要将它们的一些参数（比如说密度等）放到mod文件中；作者为此提供了一个Perl的pmerge程序。
程序的使用方法不是很难，这里着重说一下里面的一些坑以及那些参数是需要更新的。
现在的pmerge程序中如果mod文件没有需要合并的参数的话，会报错。第一件事情就是将这个改成没有也能加上的功能。这样的话我们需要将这个Perl程序移植到python上来。
目标：实现与pmerge类似的功能，将没有的参数放到合适的地方。
我们进行一揽子处理，将所有的restart数据一起考虑了。
restart数据分布在四个文件中：19 (.rst), 20 (.msc), 21 (.pop), 22 (.jnr)。下面来看看这三个文件都有什么、应该怎么处理。
.rst文件
.rst文件和.res文件是一对双胞胎，在重启的时候只需要将.res文件用.rst文件代替即可。METSW与LYMAN可以增加在.rst文件里面的内容。
.msc文件
教程中说如果.mod文件中有与.msc参数重合的话也要相应更新。暂时不管它，因为demo中也没有动。
.pop文件
需要在.mod文件的开头加上NLH ( 15 )等参数。
| 条件 | 出现参数 |
|---|---|
HSE (on) & POPUP (HYDROGEN) |
NE_i, ZME_i, NC_i |
HMS (on) |
BDHM_i |
AMDIFF (on) or VELGRAD (on) & VBMB not 0 |
VBMB_i |
HSE (on) |
NH_i |
POPUP (HYDROGEN) |
NP_i, HN_i^j, BDH_i^j (1<=j<=15) |
POPUP (CARBON) |
CK_i, CN_i^j, BDC_i^j (1<=j<=8) |
POPUP (SILICON) |
SIK_i, SIN_i^j, BDSI_i^j (1<=j<=8) |
POPUP (HELIUM) |
HEK_i, HEN_i^j, BDHE_i^j (1<=j<=13) |
POPUP (HELIUM2) |
HE2K_i, HE2N_i^j, BDHE2_i^j (1<=j<=8) |
POPUP (ALUMINUM) |
ALK_i, ALN_i^j, BDAL_i^j (1<=j<=8) |
POPUP (MAGNESIUM) |
MGK_i, MGN_i^j, BDMG_i^j (1<=j<=8) |
POPUP (IRON) |
FEK_i, FEN_i^j, BDFE_i^j (1<=j<=8) |
POPUP (SODIUM) |
NAK_i, NAN_i^j, BDNA_i^j (1<=j<=8) |
POPUP (CALCIUM) |
CAK_i, CAN_i^j, BDCA_i^j (1<=j<=8) |
POPUP (OXYGEN) |
OK_i, ON_i^j, BDO_i^j (1<=j<=14) |
POPUP (OXYGEN2) |
O2K_i, O2N_i^j, BDO2_i^j (1<=j<=8) |
POPUP (OXYGEN3) |
O3K_i, O3N_i^j, BDO3_i^j (1<=j<=8) |
POPUP (SULPHUR) |
SK_i, SN_i^j, BDS_i^j (1<=j<=8) |
需要的时候照着这个表打开相应的开关就好了。
demo中的重启script给出了H与He运行后需要更新的参数：
H运行：@NE+,@NP+
He运行：@HE+
这使得HMS和HSE的打开成为标配。
.jnr文件
它是特殊的restart文件；没有不影响计算，但是程序会叫一声。它的输出与否由JNUPRNT决定。如果有这个文件的话将它名字里的.run删掉就好了。
具体实施
因为很多时候的restart都是全的，所以第一次的话就直接将.pop文件的内容加到.mod文件后面，在NP上方以及最后加上一行USE ( INPUT ) >，之后的重启就都用pmerge了。
